افتُتِح قسم المجموعات الخاصة في سنة 1406هـ/1986م مع افتتاح المكتبة، وكان من أكبر مهمَّاته جمع المخطوطات والوثائق الأصلية والمصورة، والصور، واللوحات، والخرائط النادرة، والطوابع البريدية وغيرها. ويمكن حصر أهم أعمال قسم المجموعات الخاصة في النقاط الآتية:

1. جمع المخطوطات والوثائق الأصلية والمصوّرة، بالشراء بعد تقويمها من الخبراء.
2. فهرسة المخطوطات والوثائق الأصلية والمصورة وإدخالها في قاعدة البيانات الخاصة بها.
3. فهرسة جميع المصاحف المطبوعة التي يمتلكها المركز وإدخالها في قاعدة بيانات المصاحف.
4. المشاركة في إعداد المعارض التي يقيمها المركز.
5. جمع فهارس مخطوطات المكتبات العالمية، وإدخالها في قاعدة بيانات خاصة سُمِّيت (خزانة التراث).
6. تقديم الخدمة للباحثين، واستقبال الزوّار الرغبين بالاطلاع على المجموعات.
7. المساعدة في تقييم المخطوطات والوثائق للأفراد أو الجهات الذين لا يرغبون في بيعها.
8. إصدار فهارس المخطوطات بعد ترتيبها وتقسيمها على الفنون.